Pepe parecía haber inaugurado el marcador para el Oporto en el cuarto minuto, al enganchar un excelente remate desde un ángulo muy cerrado que entró tras golpear en el larguero, pero el tanto fue anulado por fuera de juego.
Fue un aviso para los visitantes, que poco después recibieron otro, cuando el lanzamiento con rosca de Borja Sainz rozó la parte superior del larguero antes de salir.
Los italianos no tendrían una tercera oportunidad, ya que Bednarek se quedó completamente solo en un saque de esquina y cabeceó a placer fuera del alcance de Alex Meret para adelantar a los suyos en el minuto 11.
Rasmus Hojlund fue uno de los jugadores más activos del Nápoles en la primera parte. Estuvo cerca de marcar en un contraataque en solitario, tras superar varias entradas desde la línea del centro del campo, pero su disparo salió desviado por muy poco.
Kevin De Bruyne se convirtió después en el segundo jugador al que el asistente anuló un gol por fuera de juego.
Los visitantes fueron entrando poco a poco en el partido y encontraron un merecido empate antes del descanso. Scott McTominay remató con contundencia tras una doble parada de Diogo Costa.
McTominay ha marcado siete goles en sus últimas nueve apariciones en la UCL, una racha que le ha convertido en el máximo goleador escocés histórico de la competición.
El equipo local se reorganizó tras el descanso, y Gabri Veiga puso a prueba a Meret con un disparo desde la frontal del área en el primer ataque peligroso de la segunda parte.
Matteo Politano no acertó a controlar sus piernas ante un centro del Oporto, y el balón cayó a Pablo Rosario a seis yardas de la portería. Sin embargo, no pudo superar al guardameta desde tan cerca.
Con la presión en aumento, Veiga se quedó a centímetros de marcar un golazo al enviar un auténtico misil contra el larguero, con Meret ya batido.
No hubo sorpresa en cuanto al autor del gol cuando este finalmente llegó. Veiga superó a la defensa y deslizó el balón entre las piernas de Meret para devolver la ventaja a los suyos.
El Nápoles había ofrecido muy poco en la segunda parte antes de quedarse por detrás y tuvo dificultades para reaccionar. Samu debió sentenciar el partido cuando se plantó solo al contraataque.
Jakub Kiwior lo hizo en su lugar, ya que los partenopeos volvieron a quedar expuestos en un saque de esquina a 10 minutos del final.
Y las cosas fueron de mal en peor para los napolitanos cuando Rafa Marin recibió una tarjeta roja directa por derribar a Samu dentro del área en el minuto 89. El delantero se sacudió el golpe y marcó el penalti posterior.
El resultado supone un salvavidas oportuno para el Oporto y marca su primera victoria en los últimos siete enfrentamientos contra equipos italianos.
El Nápoles ya acumula ocho partidos consecutivos sin ganar como visitante en la UCL y ha salido de los puestos de play-off, además de verse superado por el conjunto portugués.
Jugador Flashscore del Partido: Jan Bednarek (Oporto)