El delantero del Crystal Palace Daichi Kamada abrió el marcador a los cinco minutos y en el tramo final sentenciaron los locales con dos tantos anotados por jugadores que salieron desde el banquillo, Shuto Machino y Keito Nakamura.
La goleada pudo haber sido incluso mayor, pero el guardameta Guillermo Viscarra tuvo una destacada actuación y evitó que los asiáticos aumentaran su casillero.
Fernando Nava, por su parte, tuvo la ocasión más clara de gol para los sudamericanos a la media hora de juego, en una de las escasas llegadas de Bolivia al área rival.
Con esta victoria, Japón, uno de los 34 países ya clasificados para la cita mundialista, acaba con buena nota el año y un tercer triunfo consecutivo, un mes después de haber derrotado por primera vez en su historia a Brasil.
Tras acabar en el séptimo puesto en las eliminatorias sudamericanas, la Verde debe buscar su billete a través de un repechaje internacional que se disputará el próximo mes de marzo.