La noticia supone un duro golpe para el vigente campeón de la Bundesliga, a ocho puntos del líder , el Bayern.
Además,el Leverkusen deberá remontar el 3-0 de la ida contra los bávaros en la Liga de Campeones.
"El Bayer 04 tendrá que arreglárselas sin Florian Wirtz", dijo el club en un comunicado.
"El internacional alemán sufrió una lesión de ligamentos en el tobillo derecho en el partido en casa contra el Werder Bremen el sábado. El centrocampista de 21 años estará de baja varias semanas".
Wirtz, que ha marcado nueve goles en liga y ha dado otras diez asistencias, ha anotado otras seis veces en la Liga de Campeones.
Además, se perderá los partidos de cuartos de final de la Nations League contra Italia, el 20 y el 23 de marzo.
El Leverkusen, vigente campeón, también está clasificado para las semifinales de la Copa de Alemania.
"La pérdida de Florian obviamente nos golpea duro en esta fase de la temporada, pero lo compensaremos con una plantilla fuerte", declaró Simon Rolfes, director deportivo del Bayer 04.
"Conocemos a Florian y también sabemos que volverá lo antes posible. Partimos de la base de que volverá a estar en plena forma para la recta final de la temporada."