Brajan Gruda adelantó a los visitantes a los 12 minutos y, en el 64, el exdelantero del Manchester United, Welbeck, amplió la ventaja.
Benjamin Sesko marcó su tercer gol en dos partidos en el tramo final, pero solo sirvió como consuelo para los de Manchester.
Con el United ya fuera de la Carabao Cup, tras su derrota ante el Grimsby a principios de la temporada, y ahora eliminado de la FA Cup, el club ha alcanzado un lamentable mínimo en 111 años.
El equipo, que ha sido campeón en 20 ocasiones, disputará solo 40 partidos en la temporada, la cifra más baja desde la campaña 1914-15, cuando jugó 39 encuentros.