El australiano Lee y el estadounidense Bhatia terminaron los 36 hoyos con 11-bajo 133 cada uno, con el estadounidense J.J. Spaun a un golpe y el segundo clasificado , Rory McIlroy, compartiendo el cuarto puesto con 135, con los estadounidenses Collin Morikawa y Alex Smalley.
La ronda épica del día, sin embargo, perteneció al dos veces ganador de majors Thomas, que igualó una marca del campo establecida por su compatriota Tom Hoge en 2023 para terminar el día a siete del liderato.
"Hacía tiempo que no me pasaba eso de coger un poco de ritmo", dijo Thomas. "Estaba en la onda. Fue divertido. Fue agradable tener un gran día hoy".
"Estoy gratamente sorprendido y feliz de tener un tee time mañana".
El estadounidense de 31 años, que tropezó con un 78 el jueves, hizo birdie en cinco de los nueve primeros hoyos, luego hizo cuatro birdies seguidos empezando en el 11 de par cinco y añadió un putt para birdie desde justo dentro del metro y medio en el 16 de par cinco.
"Uno de esos días", dijo Thomas. "Los greenes estaban blandos, así que podías ser bastante agresivo. Sólo hay que pisar el acelerador".
En el hoyo 17, par tres, Thomas embocó un gap wedge a 18 pies y embocó un tenso putt para birdie.
Pero después de 11 birdies, récord del campo, Thomas encontró el rough derecho y luego agua con su segundo golpe en el par cuatro del 18, antes de lanzar a centímetros del hoyo y hacer bogey.
"Fue un error muy grave, pero estuve muy bien todo el día", dijo Thomas. "Sólo intenté mantenerme en mi zona y terminar el día, y lo conseguimos".
Los líderes Lee y Bhatia, por su parte, hicieron algo de magia.
Lee embocó siete birdies, pero sufrió su único bogey en el último hoyo, el noveno de par cinco, después de encontrar el rough adecuado y un búnker junto al green.
"Me sentí muy bien con la bola", dijo Lee. "Hice muy buenos números y metí algunos putts".
El jugador de Perth, de 26 años, busca su primera victoria en la PGA, pero ha ganado el Open de Macao del Asian Tour y tres pruebas del DP World Tour.
Bhatia, que busca el tercer título de su carrera en la PGA, hizo ocho birdies el viernes y 13 en los dos primeros días, la mayor cantidad desde que ganó el Abierto de Texas el año pasado.
El cuatro veces campeón de majors Rory McIlroy, ganador el mes pasado en Pebble Beach y en el Players 2019, disparó un 68.
McIlroy, titular en el back-nine, hizo birdies en seis de sus primeros 11 hoyos, pero la estrella norirlandesa de 35 años retrocedió después de bogeys en el par cuatro sexto y el par cinco noveno.
McIlroy golpeó 11 de 14 calles el viernes después de encontrar sólo cuatro en la primera ronda a pesar de un 67 inicial.
"Hoy he estado mucho mejor desde el tee y eso me ha ayudado", dijo McIlroy. "No hice un score tan bueno como ayer, pero sentí que jugué mucho mejor".
"Estoy muy animado con cómo he pegado desde el tee. Ahora tengo una buena sensación y espero que eso se pueda trasladar al fin de semana".
El bicampeón defensor Scottie Scheffler tiró 70 golpes para situarse en 139, pero el número uno del mundo y vigente campeón del Masters admitió cierta frustración.
"Los dos últimos días sentí que podría haber hecho una puntuación mucho mejor", dijo Scheffler. "Pero sigo haciendo muchas cosas bien".
El tercer clasificado, Xander Schauffele, ganador el año pasado del Abierto Británico y del Campeonato de la PGA, tiró 71 golpes para situarse en 143, pasando el corte con el número.
Seis rondas después de recuperarse de una lesión en las costillas, el estadounidense describió su juego como "bastante malo" y dijo que ignoraría los límites de práctica del médico, prometiendo "reventarlo".