El país helvético es talismán para el corredor galo, que ya ganó el año pasado otra etapa en esta misma ronda.
Grégoire se impuso esta vez en un esprint entre los seis corredores que estaban escapados, entrando en meta delante del español Marcel Camprubí y del neerlandés Bart Lemmen.
Pogacar había ganado el miércoles la primera etapa, después de ir más de 70 kilómetros en solitario, y este jueves acabó justo después de esos seis primeros, en su caso dentro de un pequeño grupo de tres hombres.
En la general, el esloveno ve aumentar su ventaja sobre el ecuatoriano Richard Carapaz, que ahora queda relegado a 2:50 minutos.
El jueves trajo una mala noticia familiar para Pogacar, con la fractura de mandíbula de su pareja, la ciclista Urska Zigart, que sufrió una caída en la versión femenina de este Tour de Suiza.